注意事項：
有時候在mac軟件的下載安裝中會遇到報錯，現(xiàn)在華軍小編來給大家整理較為常見的報錯情況并做出解答，有遇到報錯的朋友可以參考如下方案：
1、“xxx軟件已損壞，無法打開，你應(yīng)該將它移到廢紙簍”
2、“打不開xxx軟件，因為Apple無法檢查其是否包含惡意軟件”
3、“打不開...軟件，因為它來自身份不明的開發(fā)者”
解決方案如下：
1、在自己的Mac電腦設(shè)置開啟任何來源。
2、如果開啟任何來源無法解決報錯的情況，則表明該應(yīng)用受到蘋果針對應(yīng)用未簽名的限制，需要通過執(zhí)行命令行代碼來繞過應(yīng)用簽名認(rèn)證。 執(zhí)行命令繞過ios的公證Gatekeeper。
3、如果上述兩種方法都沒有奏效，那么需要關(guān)閉SIP系統(tǒng)完整性保護(hù)。
Geneious For Mac軟件功能
1、NGS分析和基因組學(xué)
使用行業(yè)領(lǐng)先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數(shù)據(jù)的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式分析。
2、序列圖和色譜分析
修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列?；蝾A(yù)測、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動標(biāo)注?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。
3、對齊和樹構(gòu)建
使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹，并為公開準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。
4、分子克隆
查看質(zhì)粒圖，自動注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計引物，找到CRISPR站點并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5、搜索、共享和自動化
針對NCBI進(jìn)行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動化的工作流程，以提高效率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯誤。
6、SnapGene文件導(dǎo)出
將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。
7、CRISPR-CPF1特異性評分
自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點使用新的特異性評分，這是根據(jù)對您選擇的數(shù)據(jù)庫的非目標(biāo)分析計算出來的。
8、智能NGS導(dǎo)入
只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1選項
添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點，并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達(dá)，可以用來突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。
11、限制性位點無表型突變分析
自動識別在不影響蛋白質(zhì)的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。
12、漂亮的PCA圖
具有更好的標(biāo)簽和新的可視化選項，創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。
13、創(chuàng)建酶制劑
不再從其他來源獲取信息?，F(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。
14、更好的FASTQ導(dǎo)入功能
在導(dǎo)入過程中，成對讀取可以相互關(guān)聯(lián)，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設(shè)置讀取技術(shù)。
15、為細(xì)菌基因組比對更新Mauve插件
現(xiàn)在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進(jìn)行基因組整理成為可能。
16、更好的BLAST服務(wù)器管理
一次設(shè)置多個BLAST服務(wù)器鏡像，每次搜索時，選擇最好的一個。不用每次切換鏡像。
17、NCBI BLAST云支持
有了NCBI BLAST云之后，設(shè)置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。
18、按索引連接
連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。
19、序列列表的CSV/TSV導(dǎo)出
將序列表中的所有序列連同它們的元數(shù)據(jù)一起導(dǎo)出到CSV或TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進(jìn)行進(jìn)一步分析。
Geneious For Mac軟件特色
Geneious結(jié)合了所有主要的生物信息學(xué)分析工具。 Geneious提供一個免費的學(xué)術(shù)使用的基本版本，一個提供更多功能的付費商業(yè)增強版本.
序列比對和序列觀看
Motif搜索和開放讀碼框(ORF)
進(jìn)化樹建設(shè)UPGMA，NJ bootstrapping和consensus trees
Contig assembly和色譜編輯
限制性內(nèi)切酶分析
PCR引物設(shè)計
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的觀看
整合數(shù)據(jù)庫-集成檢索與GenBank，PubMed，BLAST和UniProt
通過互聯(lián)網(wǎng)協(xié)作和共享數(shù)據(jù)
生物信息教學(xué)-創(chuàng)建教程與直接聯(lián)系的材料
公共API開發(fā)，由社區(qū)開發(fā)的生物信息學(xué)的免費插件
各種標(biāo)準(zhǔn)的生物信息學(xué)等應(yīng)用工具ClustalW，MrBayes，EMBOSS,PAUP和Mauve。
Geneious For Mac使用說明
1、打開geneious
2、初始界面如下圖：
3、Alignment可用于比對，tree建樹，assembly拼接。 序列拼接
右鍵點擊local，創(chuàng)建新文件夾，測序公司提供*.abi格式文檔，可直接拖動，或者file-import。 導(dǎo)入完成后結(jié)果如圖
4、為了準(zhǔn)確可再次導(dǎo)入一個參考序列。
5、選擇需要拼接的序列和參考序列進(jìn)行assembly，(示例：DTH8和DTH8-13F/R)，彈出窗口
6、參考序列為DTH8(自動識別)，選擇不要剪切----ok。拼接完成圖
7、按住ctrl，向上滾動鼠標(biāo)即可放大，與參考序列一致顏色不變
8、與參考序列不一致顏色藍(lán)色
9、此時選擇上面的峰，第一個不一致處，多出一個G，點擊allow editing，光標(biāo)變?yōu)榫G色，將其放在consensus上，刪除“-”
10、下面一行的G則被刪除，序列校正過后再點擊allow editing，如圖
11、下一處不同豎著看--A--A---,選擇A，不需要修改。
整個序列校正完畢后，點擊save
若需要導(dǎo)出序列選擇consensus，全選該序列，點擊file-export-selected documents
Geneious For Mac更新日志
將bug掃地出門進(jìn)行到底
優(yōu)化用戶反饋的問題，提升細(xì)節(jié)體驗
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