PyMol軟件介紹
軟件的作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學(xué)文獻(xiàn)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用PyMOL來制作。PyMOL是少數(shù)可以用在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的開放源代碼視覺化工具。軟件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一種計(jì)算機(jī)語言Python所衍生出來的，“MOL”表示它是用于顯示分子(英文為molecule)結(jié)構(gòu)的軟件。
PyMol軟件特色
PyMOL的界面主要由兩個(gè)部分組成，控制窗口(Control window)和顯示窗口(Viewing window)。其中控制窗口主要包括菜單欄(Pull-down menus)、操作記錄窗口(Feedback window)、常用控制按鈕窗口(Control Buttons)、命令窗口(Command line);顯示窗口主要包括可視化窗口(Display area)、對(duì)象列表(Object menu)、鼠標(biāo)模式(Mouse hints)、動(dòng)畫控制(Movie controls)以及命令窗口(Command line)。
PyMol軟件操作
在對(duì)象列表窗口可以看到，每個(gè)對(duì)象都有A S H L C五個(gè)按鈕，這五個(gè)按鈕分別表示Action、Show、Hide、Label、Color，可以對(duì)相應(yīng)的對(duì)象完成一些操作。
“A”按鈕可對(duì)相應(yīng)對(duì)象進(jìn)行各種處理，如居中、重命名、標(biāo)記、刪除等等;也可以使用預(yù)設(shè)的方案展示3D結(jié)構(gòu)。
“S”按鈕可設(shè)置相應(yīng)對(duì)象的顯示樣式
“H”按鈕可隱藏相應(yīng)對(duì)象的某種樣式，也可以靈活的隱藏某些特定結(jié)構(gòu)
“L”按鈕可對(duì)相應(yīng)對(duì)象添加標(biāo)簽此外，可以在菜單欄點(diǎn)擊“Setting -> Label”對(duì)標(biāo)簽的字體、大小、顏色等進(jìn)行更改添加標(biāo)簽后，標(biāo)簽可能會(huì)被結(jié)構(gòu)遮擋，此時(shí)就需要移動(dòng)標(biāo)簽。在鼠標(biāo)模式窗口，點(diǎn)擊“Mouse Mode”后面的“3-Button Viewing”變?yōu)椤?-Button Editing”，然后按住鍵盤“Ctrl”鍵不放，將鼠標(biāo)移動(dòng)到殘基標(biāo)簽上方，并按下鼠標(biāo)左鍵不放，然后拖動(dòng)鼠標(biāo)，就可以調(diào)整標(biāo)簽的位置。
“C”按鈕可對(duì)相應(yīng)對(duì)象的顏色進(jìn)行更改，可選擇使用系統(tǒng)預(yù)設(shè)的配色方案，如點(diǎn)擊“C -> by ss -> Helix Sheet Loop”使3D結(jié)構(gòu)按照二級(jí)結(jié)構(gòu)著色。
PyMol更新日志
1.將bug掃地出門進(jìn)行到底
2.有史以來最穩(wěn)定版本
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